Nocą z 20 na 21 stycznia 1989 r. na plebanii św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach, przez „nieznanych sprawców”, został zamordowany ks. prałat S. Niedzielak.
Gdyby założyć, że zbrodnia katyńska była faktem historycznym – tzw. jednostkowym, to jest to nieprawdą. Wpisuje się ona, bowiem w cykl wydarzeń, które w skrócie układają się w kolejne szczeble w chronologicznej drabinie wydarzeń – począwszy od wojny polsko-sowieckiej 1919-1920, poprzez ludobójczą „operację polską” w ZSRR w latach 1937-1938, eksterminację żołnierzy polskich we wrześniu 1939 roku, zabijanych bez pardonu przez czerwonoarmistów na zajmowanych terenach wschodnich kraju, poprzez gehennę Polaków na „nieludzkiej ziemi” (w tym rodzin ofiar Katynia), aż po daniną z życia za uczestniczenie w walce o „prawdę katyńską”. Ostatnią z nich był niestrudzony bojownik w batalii o nią - ks. Stefan Niedzielak (rocznik 1914, płocczanin) kapelan Armii Krajowej w Łódzkim Okręgu, gdzie kierował m.in. pracami Głównej Rady Opiekuńczej oraz pozostawał współpracowni-kiem Delegatury Rządu na Kraj, dzięki czemu wcześnie poznał raport komisji Polskiego Czerwonego Krzy- ża o zbrodni katyńskiej. Latem 1944 przewiózł do Krakowa tzw. depozyt katyński, czyli dowody z przeprowadzonej przez Niemców ekshumacji grobów w Katyniu. Brał udział w powstaniu warszawskim. po wojnie wstąpił do organizacji Wolność i Niezawisłość. W latach 1956 – 1961 oraz od 1977 do śmierci pozostawał parafii św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach, gdzie zapoczątkował odprawianie Mszy św. za Ojczyznę, oraz gdzie z Wojciechem Ziembińskim zaczęli tworzyć Sanktuarium „Poległym i Pomordowanym na Wschodzie. Był kapelanem Warszawskiej Rodziny Katyńskiej. Należy wspomnieć, że był jednym z inicjatorów wystawienia „Krzyż Katyńskiego” na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach, który w nocy 31 lipca 1981 roku został usunięty przez Służbę Bezpieczeństwa. Za swoją działalność niepodległościową był ustawicznie szykanowany, otrzymywał również listy i telefony z pogróżkami, organy komunistycznej „bezpieki” wielokrotnie podejmowały próby zastraszenia go, pobicia czy porwania.
Rankiem, 21 stycznia 1989 roku w mieszkania przy parafii św. pw. Karola Boromeusza odnaleziono ciało kapłana. Na głowie i twarzy duchownego widoczne były liczne otarcia i ślady krwi. Stwierdzono również złamanie kręgosłupa w odcinku szyjnym. Przybyły na miej-sce lekarz medycyny sądowej, aczkolwiek w raporcie nie podał jednoznacznie przyczyny śmierci, to wszakże nie wykluczył popełnienia morderstwa i taką wersję przekazał Komen-dzie Stołecznej MO. Dodać także należy, iż w trakcie oględzin miejsca zdarzenia zauważono, że kapłan trzymał w ręku wyrwane włosy, a obok zwłok leżał oderwany fragment gumowej rękawiczki. Podjęte śledztwo, początkowo procedowane przez warszawską Prokuraturę Rejonowej następnie przejęte przez Prokuraturę Wojewódzką, zakończyło się przedstawieniem, charakterystycznej dla władz komunistycznych - konkluzji. Pomimo tego, iż ekspertyza, z sekcji zwłok zamordowanego kapłana, była pełna sprzeczności, to dzięki działaniom nadzorującej pracę prokuratora prowadzącego śledztwo - prokurator, która wcześniej dała się poznać z ewidentnego zacierania śladów w sprawie zamordowania Grzegorza Przemyka, stwierdzono m.in., że ofiara odniosła obrażenia typowe dla wypadków komunikacyjnych, oraz jednocześnie podtrzymano wersję o nieszczęśliwym spadnięciu z fotela, z którego jakoby kapłan oglądał telewizję. To ewidentne matactwo podważane jest przez publicystów i historyków badających sprawę śmierci księdza Stefana Niedzielaka, którzy suponują, że obrażenia na ciele duchownego - były typowe dla ciosu karate.
Przypomnijmy, że niejako z boku działań dążących do zatarcia śladów zbrodni, prowadzonych na szeroką skalę przez Służbę Bezpieczeństwa, również milicja skupiła się podówczas na inwigilacji przygotowań do pogrzebu, który zresztą przerodził się w potężną manifestacją - nie tylko środowisk antykomunistycznych, lecz również zgromadził rzesze „szarych” mieszkańców Warszawy.
Śledztwo w sprawie śmierci ks. Stefana Niedzielaka umorzono w październiku 1990 roku, a zażalenie na podjętą decyzję złożył mecenas, późniejszy premier Jan Olszewski. Pomimo tego, że śledztwo zostało wznowione w 1991 roku, to zostało zamknięte w 1993 roku i to bez żadnych rezultatów.
W 2001 roku Instytut Pamięci Narodowej rozpoczął śledztwo w sprawie śmierci księdza Niedzielaka i zwrócił się do Warszawskiej Prokuratury Okręgowej o przekazanie dowodów rzeczowych, okazało się, że nie odnaleziono ich ani w prokuraturze, ani w Komendzie Sto-łecznej Policji. Śledztwo w sprawie zaginięcia dowodów zostało w 2009 roku umorzone z powodu braku dostatecznych danych uzasadniających podejrzenie popełnienia przestępstwa.
W roku 2008 roku śp. ks. Stefan Niedzielak „za wybitne zasługi w działalności na rzecz przemian demokratycznych w Polsce, za osiągnięcia w pracy zawodowej i społecznej” został pośmiertnie odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.
